Dalam musim ketiga, Spy × Family melanjutkan kisah keluarga Forger: Loid (Twilight) yang masih menjalankan misinya sebagai mata-mata demi menjaga keseimbangan politik antara Westalis dan Ostania, Yor, pembunuh bayaran yang menyembunyikan identitasnya, dan Anya, anak angkat mereka yang punya kemampuan telepati dan sering jadi sumber masalah... dan kehangatan juga.